二十世紀五十年代，香港兒童失學情況嚴重，加上國內大量難民抵港，「中華基督教衞理公會」除覓地建立北角衞理堂外，亦獲政府撥出教會毗鄰長康街一空地作興建小學校舍之用。本地教會撥款加上美國衞理公會婦女宣教部特意捐助七萬五千美元建校及添置設備費，衞理小學校舍終於一九五九年九月落成。

本校創校初期為全日制私立小學，教職員十人，五班學生共一百三十一人，其後校務擴展，一九六五年增建四樓課室、天台運動場及側翼特別室。配合六十年代香港學童增多，一九六七年起，本校轉兩所半日制津貼小學，上、下午校共開辦二十四班，學生人數達千人以上，但上、下午校行政仍然統一。兩年後，而教職員亦增至五十多人。

開校之初至一九七三年，美國衞理公會每年均差派一位外籍宣教士擔任本校英語老師，六十年代本校引進大單元活動教學及嘗試以普通話教語文，可見早於四十多年前，本校已是實踐兩文三語的先驅學校了，及後經歷香港七十年代的強迫教育政策，八、九十年代教育發展由量至質素提升，北角衞理小學一直與時並進，致力提升教學質素。

二零一五年衞理小學獲教育局撥地於北角百福道2A號建二十四班校舍，新校舍於二零一八年九月落成，北角衞理小學上、下午校正式合併為全日制小學。二零一九年學校迎來鑽禧校慶，六十多年來北角衞理小學上下一心堅持為教育「傳承、凝聚、蛻變」。在未來的日子北角衞理小學會繼續屹立港島東區為主發熱發光，陶造一代又一代莘莘學子。